Su padre se opuso rotundamente pero se sorprendió con la firme decisión de su hijo. Estando en el noviciado de los jesuitas, le comunicaron a Juan que su madre estaba agonizando pero el joven no retornó a casa y envió una carta piadosa a sus padres. Meses después de la muerte de su madre, el padre de Berchmans ingresó al seminario y tras un tiempo de formación fue ordenado sacerdote.
San Juan recibió el apodo de “el hermano alegre” porque siempre fue amable, jovial y atento con los demás. Se decía que si alguno estaba de mal humor, la compañía del Santo lo alegraba. Todo esto lo hizo por amor a Dios y al prójimo ya que le costaba personalmente la vida comunitaria. Tenía una tierna devoción por la Santísima Virgen María, lleno de confianza y cariño filial. Estaba convencido de que “si logro amar a María, tengo segura mi salvación; perseveraré en la vida religiosa, alcanzaré cuanto quisiere; en una palabra, seré todopoderoso”.
Solía repetir diariamente “quiero amar a María” y un año antes de morir firmó con su sangre la siguiente promesa: “afirmar y defender donde quiera la Inmaculada Concepción de la Virgen María”. En 1618 fue enviado al Colegio Romano de los jesuitas en Roma, donde una vez más sobresalió en los estudios y deberes. Poseía una inteligencia prodigiosa y durante su vida llegó a dominar varios idiomas como el inglés, francés, alemán, flamenco, italiano, latín y griego.
Poco a poco se fue ganando el cariño de sus nuevos formadores y compañeros. Luego de un certamen en el colegio, tuvo que ser ingresado a la enfermería por unos dolores de cabeza. Su superior ya se había percatado meses antes de estos malestares y de su cansancio crónico, pero casi nadie lo había notado debido a que Berchmans siempre estaba atento a servir y a realizar los deberes, que él unía a la Pasión de Cristo.
Su salud fue decayendo hasta que partió a la Casa del Padre el 13 de agosto de 1621 producto de un “total agotamiento”. Notoria fue su alegría al morir y sus últimas palabras fueron: “Jesús, María”. Fue beatificado en 1865 por el Beato Pío IX y canonizado en 1888 por el Papa León XIII. Su fiesta se celebra cada 26 de noviembre.