A los 24 años se casó con el entonces rey de Escocia, Malcom III, con quien tuvo ocho hijos. La reina era sabia y con cierta cultura por lo que transformó la corte del esposo con el ejemplo en la caridad. Todos los días la Santa daba de comer a los pobres y a algunos de ellos les lavaba los pies. Se preocupó por la educación de su pueblo y muchas veces agotó el tesoro real para socorrer a los necesitados.
Educó a sus hijos con los valores cristianos e influyó en la Iglesia de Escocia. Hizo convocar a un concilio en ese territorio que extirpó ciertos ritos paganos que se realizaban en plena celebración Eucarística. Santa Margarita tuvo una intensa vida de oración, participaba de varias Misas diarias y practicaba la austeridad. Pedía que le dijeran sus defectos para corregirlos, repartía limosnas, rescataba a los prisioneros ingleses detenidos en Escocia, cuidaba a los viajeros y construía monasterios, iglesias y albergues.
En 1093 su esposo Malcom III con sus hijos Eduardo y Edgardo se fueron a la batalla para recuperar un castillo y fallecieron el monarca con su primogénito. La Santa durante ese tiempo enfermó y al regreso de su hijo Edgardo, Margarita agradeció a Dios por la paciencia para soportar tantas desgracias juntas.
Le ofreció todo su dolor a Dios y partió a la Casa del Padre el 16 de noviembre de 1093. Se dice que al fallecer, su rostro recuperó la calma, el color y la belleza que había tenido.